Iranian Journal of Breast Diseases
بیماریهای پستان ایران
ijbd
Medical Sciences
http://ijbd.ir
0
user
1735-9406
2645-7482
10.61186/ijbd
fa
jalali
1400
2
1
gregorian
2021
5
1
14
1
online
1
fulltext
fa
شناسایی ژن های مرتبط با پیش آگهی در سرطان پستان Her2-enriched با استفاده از تجزیه و تحلیل شبکه هم بیانی ژنی
Identification of Prognostic Genes in Her2-enriched Breast Cancer by Gene Co-Expression Net-work Analysis
پژوهشي
Research
<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:16px;"><strong><span style="font-family:B Nazanin;">مقدمه:</span></strong><span style="font-family:B Nazanin;"> زیرگروه </span><span dir="LTR">Her2-enriched</span><span style="font-family:B Nazanin;"> در سرطان پستان پیش ­آگهی بدتری نسبت به زیرگروه ­های لومینال دارد. و اخیرا کشف درمان‏ های هدفمند در سایر گروه­ های سرطان پستان منجر به افزایش بقاء بیماران شده است. هدف این مطالعه شناخت ژن­ های موثر در بقای کلی این دسته از بیماران مبتنی بر زیست­ شناسی سامان‏ه ای است. </span><span dir="LTR"><span style="font-size:10.5pt;"></span></span><br>
<strong><span style="font-family:B Nazanin;">روش بررسی:</span></strong><span style="font-family:B Nazanin;"> مجموعه­­­ داده­­­ های بیان ژن و اطلاعات بالینی 58 بیمار مبتلا به زیرگروه</span> <span dir="LTR">Her2-enriched</span> <span style="font-family:B Nazanin;">از اطلس ژنوم سرطان دانلود شد. با استفاده از شبکه هم</span><span dir="LTR">­</span><span style="font-family:B Nazanin;">بیان ژنی وزن</span><span dir="LTR">­</span><span style="font-family:B Nazanin;">دار، ماژول­ های هم­ بیان شناسایی شدند. به‏ منظور شناسایی ماژول­ های موثر بر بقای کلی، از رگرسیون کاکس استفاده شد. آنالیز بقاء تک­ژنی در درون ماژول منتخب انجام و در پایان ژن­ های معنی­ دار با استفاده از ابزار </span><span dir="LTR">DAVID</span><span style="font-family:B Nazanin;"> مورد تفسیر عملکردی قرار گرفتند. </span><br>
<strong><span style="font-family:B Nazanin;">یافته ­ها:</span></strong><span style="font-family:B Nazanin;"> از میان شش ماژول هم­ بیان شناسایی­ شده، دو ماژول به طور معنی ­دار با پیش ‏آگهی بدتر در بیماران مرتبط بودند.</span> <span style="font-family:B Nazanin;">بر مبنای آنالیز بقای تک­ژنی، 39% از ژن­ های ماژول­ منتخب، معنادار شناخته شد که رابطه­ معناداری با مسیرهای زیستی "</span><span dir="LTR">Ubiquitin</span> <span dir="LTR">mediated proteolysis</span><span style="font-family:B Nazanin;">" و "</span><span dir="LTR">RNA degradation</span><span style="font-family:B Nazanin;">" داشتند. ژن</span><span style="font-family:B Nazanin;">‏</span><span style="font-family:B Nazanin;"> های </span><em><span dir="LTR">CHAMP1</span></em><span style="font-family:B Nazanin;">، </span><em><span dir="LTR">PPP1R26</span></em><span style="font-family:B Nazanin;">، </span><em><span dir="LTR">PRRC2B</span></em><span style="font-family:B Nazanin;">، </span><em><span dir="LTR">KANSL3</span></em><span style="font-family:B Nazanin;"> و </span><em><span dir="LTR">ANAPC2</span></em><span style="font-family:B Nazanin;"> به‏ ترتیب به عنوان 5 ژن مهم در کاهش بقای کلی شناسایی شدند. همچنین این ژن­ ها در مسیرهای مرتبط با تقسیم سلولی نقش دارند که تاییدکننده نقش آن‏ها در سرطان است. </span><br>
<strong><span style="font-family:B Nazanin;">نتیجه­ گیری:</span></strong><span style="font-family:B Nazanin;"> رویکرد زیست­ شناسی سامان‏ه ای می­ تواند نتایج مناسبی در تحلیل بقاء بیماران داشته باشد. در این مطالعه ژن‏ هایی شناسایی شدند که می­ توانند در مطالعات آزمایشگاهی به عنوان بیومارکرهای پیش ­آگهی­ دهنده بقای کلی بیماران زیرگروه </span><span dir="LTR">Her2-enriched</span><span style="font-family:B Nazanin;"> و همچنین کاندیداهای بالقوه برای درمان هدفمند این دسته از بیماران مورد استفاده قرار گیرند.</span></span></div>
<div style="text-align: justify;"><span style="font-size:16px;"><span style="font-family:Times New Roman;"><strong>Introduction:</strong> HER2-enriched subtype of breast cancer has a worse prognosis than luminal subtypes. Recently, the discovery of targeted therapies in other groups of breast cancer has increased patient survival. The aim of this study was to identify genes that affect the overall survival of this group of patients based on a systems biology approach.<br>
<strong>Methods: </strong>Gene expression data and clinical information on 58 patients with HER2-enriched cancer were downloaded from The Cancer Genome Atlas (TCGA). Co-expression modules were identified using the weighted gene co-expression network analysis (WGCNA). The Cox regression was used to determine the modules that had a significant relationship with the overall survival (OS) endpoint. Single-gene survival analysis was performed within the selected module. Finally, functional annotation to explore the significance of genes was performed using the Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery (DAVID).<br>
<strong>Results: </strong>Of the six identified co-expression modules, two had significantly poor prognoses. Single-gene survival analysis showed that 39% of genes in the selected modules were identified as significant. The genes were mainly related to the biological pathways such as Ubiquitin-mediated proteolysis and RNA degradation. <em>CHAMP1</em>, <em>PPP1R26</em>, <em>PRRC2B</em>, <em>KANSL3</em>, and <em>ANAPC2</em> were identified as the 5 most important genes associated with reduced OS, in order of significance.<br>
<strong>Conclusion: </strong>The systems biology approach can provide appropriate results relate to patient survival analysis. In this study, some genes were identified to be used as prognostic biomarkers in experimental studies related to the OS in the HER2-enriched subgroup. These genes can be considered potential candidates for therapeutic targets in this group of patients.</span></span></div>
سرطان, زیست شناسی سامانه ای, شبکه های وزندار, شبکه های هم بیانی, Her2-enriched, WGCNA
HER2-enriched Breast Cancer, WGCNA, Co-expression Network, TCGA
49
63
http://ijbd.ir/browse.php?a_code=A-10-419-2&slc_lang=fa&sid=1
Mohammad
Darzi
محمد
درزی
modarzi@yahoo.com
0058009418
00031947532846008729
No
Department of Electrical Engineering and Information Technology, Iranian Research Organization for Science and Technology (IROST), Tehran, Iran
پژوهشکده برق و فناوری اطلاعات، سازمان پژوهش های علمی و صنعتی ایران، تهران، ایران
Saeid
Gorgin
سعید
گرگین
gorgin@irost.ir
00031947532846008730
00031947532846008730
No
Department of Electrical Engineering and Information Technology, Iranian Research Organization for Science and Technology (IROST), Tehran, Iran
پژوهشکده برق و فناوری اطلاعات، سازمان پژوهش های علمی و صنعتی ایران، تهران، ایران
keivan
Majidzadeh-A
کیوان
مجیدزاده
kmajidzadeh@acecr.ac.ir
00031947532846008731
00031947532846008731
No
Genetics Department, Breast Cancer Research Center, Motamed Cancer Institute, ACECR, Tehran, Iran
دپارتمان ژنتیک، مرکز تحقیقات سرطان پستان، پژوهشکده سرطان معتمد، جهاد دانشگاهی، تهران، ایران
Rezvan
Esmaeili
رضوان
اسمعیلی
esmaeili.rezvan@gmail.com
00031947532846008732
00031947532846008732
Yes
Genetics Department, Breast Cancer Research Center, Motamed Cancer Institute, ACECR, Tehran, Iran
دپارتمان ژنتیک، مرکز تحقیقات سرطان پستان، پژوهشکده سرطان معتمد، جهاد دانشگاهی، تهران، ایران